高度計算機はHPCテックにお任せください。

秋山研究室では、バイオインフォマティクス（生命情報科学）の研究を行っています。バイオインフォマティクスとは、生物学や医学等の膨大な情報をコンピュータで解析し、規則性を発見したり、実験を助けるような予測や予言を行うことを目的とした学問分野です。

特に、最新のアルゴリズムやパターン認識などの技法、また東京工業大学が保有する我が国トップレベルのスパコン(TSUBAME)を活用した大規模計算などを強みとして、計算工学の専門家の観点からバイオインフォマティクスに実用的な貢献をすることを目指しています。

秋山研究室では現在、タンパク質のドッキング計算、薬物動態予測、DNA配列解析などの分野を中心として、大規模な実データを用いた研究開発を進めています。 2007年に創設された、まだ比較的新しい研究室です。

導入にあたって

研究テーマとしてタンパク質と薬剤などの化合物のドッキングを、フラグメント分子軌道法などを用いて計算します。並列計算機上での高速計算により、タンパク質の突然変異と薬剤のドッキング強度との関係などを調べようとしています。

また研究室では断片情報から元の分子を推定するために、ノイズに強い確率的な数理モデルを提案し、データベース内の既知情報と計測スペクトルを高速に比較する並列ソフトウェアを開発しています。

これらの研究テーマを今後更に発展させるために最新PCクラスタを活用した大規模な並列計算システムの導入が必要となりました。

今回のCluster導入に関しては、当初12ノード程度の計算サーバが必要であると考えていましたが、手持ちのラックには10Uのスペースしかなく、物理的にあきらめていましたが、HPCテックが大手メーカでは実現していない1U2ノードの計算サーバを取り扱っていたことで、この限られたスペース に予定していた12ノードの計算サーバを実装することができました。

各計算ノードは物理的には通常のサーバより小型化していますが、性能面を比べると、DUAL CPU、64GBメモリを搭載しており、通常のサーバと変わらない演算能力を持っています。

また、各ノードには、InfiniBand QDR（40Gbps）高速ネットワークを搭載することにより、ノード間通信におけるロスを極力軽減させることができ、これからの研究における計算やシミュレーションに大いに役立つと考えております。

弊社製品をお選びいただき、心より感謝申し上げます。秋山研究室のこれからのご発展とご健勝をお祈り申し上げます。