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導入事例

2014/10/09

[導入事例] 東京大学 須田研究室 様

最新のIntel CPU Haswell EP搭載のPCクラスタ型高速計算機を導入頂きました。

研究内容

 

研究内容の紹介

 須田研究室は、(1) 科学技術計算、(2) 数値計算、(3) 高性能計算 という3つのテーマで研究を行っています。特にマルチコア・メニーコアからスパコンに至る高性能・並列計算に力を入れています。

 計算科学シミュレーションでは、
  Science : 対象となる現象を理解する。
  Modeling : 対象となる現象を数学的なモデルで表現する。
  Discretization : 連続的なモデルを離散的なモデルで近似する。
  Algorithm : 離散的な方程式を解くアルゴリズムを定義する。
  Programming : アルゴリズムをプログラムとして実装する。
  Hardware : プログラムをハードウェア上で実行する。と、いう6つの要素が必要ですが、このうち、
    (1) の「科学技術計算」がScience と Modeling、
    (2) の「数値計算」が Discretization と Algorithm、
    (3) の「高性能計算」がProgramming とHardwareに対応しています。なかでも特に力を入れているのが「高性能計算」です。プロセッサはほとんどマルチコアになり、GPUやPhiなどのメニーコアプロセッサも広く使われていますしスーパーコンピュータは100万コア以上を有しています。これらの多数のプロセッサを使いこなすことで、単一のプロセッサでは実現できない複雑な計算を短時間で実行することが可能になります。このような高性能・並列計算機の利用に向けて、並列アルゴリズム、通信アルゴリズム、スケジューリングアルゴリズム、メモリアクセス最適化などの技術を開発しています。また、これらのアルゴリズムや実装に含まれるパラメタの設定を自動化する「自動チューニング」の研究も行っています。

 「数値計算」では、高速・高性能のアルゴリズム開発をしています。例えば、行列計算、高速関数変換、偏微分方程式の高精度解法、分数階微積分、多次元積分などに取り組んできました。

 「科学技術計算」では,物理シミュレーションのほか、バイオインフォマティクスの研究者もいます。遺伝子ネットワークの推定は、遺伝子発現制御を観測データから超並列計算で解き明かす生命のリバースエンジニアリングで、統計科学・機械学習・情報科学の手法を組み合わせて実現します。また、ナノテクノロジーの研究者と共同研究をしています。

 

 研究室ホームページ

  http://olab.is.s.u-tokyo.ac.jp/~reiji/sudalab.html

 

プロジェクト

 JST CREST

  「進化的アプローチによる超並列複合システム向け開発環境の創出」(2011.11 ~)

 科学研究費
  「超高速・超低消費電力物質科学シミュレーション方式の研究開発」
   (新学術領域「コンピューティクスによる物質デザイン」)(2010.10~)

導入システム

計算サーバの整理・統合
ネットワーク機器を新たに導入し既存の計算サーバとの

整理・統合を行いました。

 

導入システムと使おうと思ったきっかけを教えてください。

 高性能並列計算という分野において,プロセッサあたり100コア以上という時代がそう遠くない未来にやってきます。そのときに必要となるアルゴリズムをこれから準備しておくために、最新のアーキテクチャで100コアほどのクラスターが使える環境にしておきました。

 

これまでの計算機と比べた今後の抱負をお聞かせ下さい

 半導体技術の革新の速さは凄まじいものがあります。今回新しく発売になったIntel Haswell EP は多くの技術革新が有ります。特にCPU Core数は大幅に増えて今回採用したCPUには12 Core搭載されており、2Uに96 Core搭載されています。5年後あたりのCPUを想定してこれらを使っていきたいです。

 

最後に

 須田先生 ご多忙な中 貴重なお時間を頂きありがとうございました。
 これからも研究活動に少しでもお役にたてる様 弊社もご協力させて頂きます。

 

 

 

弊社では、科学技術計算や解析などの各種アプリケーションについて動作検証を行い、
すべてのセットアップをおこなっております。

お客様が必要とされる環境にあわせた最適なシステム構成をご提案いたします。

各種カスタマイズ・詳細なお見積はこちらからお問い合わせください。