高度計算機はHPCテックにお任せください。

http://www.gaussian.com/

最新の「Gaussian 09」では更に大きな分子モデルを取り扱うことが出来るようになりました。MO：MM計算のためのElectronic Embedding（電子的埋め込み）があります。Electronic Embeddingでは、QM領域の計算時にMM領域の静電的性質が考慮されます。また、モデル全体の原子とMM領域に含まれる原子間のカップリングを考慮し、モデル全体における古典的最適化ステップの合間にMM領域のミクロ反復法（microiteration）を利用している、高速かつ信頼性のある構造最適化アルゴリズムが含まれています。今後GPGPU化が期待されます。

http://ambermd.org/

「Amber」は、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって生体分子のために開発された、モデリングおよび分子力学と動力学計算シミュレーションプログラムのパッケージです。溶媒水分子の配置や電荷のフィッティングをおこなうビルダーモジュールなどのプログラムが多数用意されています。また、NMRリファインメントを実行したり、解析ツールを用いて動力学計算のトラジェクトリー解析をおこなったりできます。GPGPU対応で更なる高速化が実現。

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

「NAMD」は、2002年にGodon Bell賞を受賞した著名な分子力学のソフトウェアパッケージです。Charmをベースに開発され世界中に愛用者がおります。GPGPUでも高速化が実現されています。

http://www.gromacs.org/

Gromacs（グローマックス、Groningen Machine for Chemical Simulations、グローニンゲン・マシン・フォー・ケミカル・シミュレーションズ）は、フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージです。フリーソフトウェアであり、GNU GPLライセンスに基づいて自由に改変することができます。地球上で最速の分子動力学ソフトウェアを目指しており、並列計算を前提としたプログラミングがなされています。